ههمسانه‌سازی، مطالعه بیوانفورماتیکی و بررسی بیان ژن سکوالن ‌سینتاز1 در شیرین‌بیان بومی ایران

شیرین‌بیان (Glycyrrhiza glabra)، یکی از مهم­ترین گیاهان دارویی است که دارای ترکیبات فعال زیستی مانند ساپونین تری‌ترپنوئیدها (گلیسیریزین) و فیتواسترول‌ها است. سکوالن سینتاز (Squalene Synthase)، آنزیم (EC 2.5.1.21) متصل به غشا است که دو مولکول فارنسیل دی­‌فسفات را به سکوالن تبدیل می‌کند. سکوالن پیش ماده اصلی بیوسنتز تری‌ترپن‌ها و استرول‌ها است. در این مطالعه توالی بیان کننده سکوالن ‌سینتاز 1 شیرین‌بیان بومی ایران در وکتور pTZ57R/T همسانه‌سازی و ویژگی‌های بیوانفورماتیکی پلی­‌پپتید با استفاده از نرم‌افزارها پیش‌بینی شد. cDNA سکوالن ‌سینتاز 1، 1242 جفت باز دارد و یک پلی‌پپتید 413 آمینواسیدی را بیان می‌کند. بررسی‌های بیوانفورماتیکی نشان داد که پلی­‌پپتید سکوالن سینتاز 1 شیرین‌بیان، بیشترین شباهت را با سکوالن ‌سینتاز 1 جنس Glycyrrhiza دارد. بررسی جایگاه درون­ سلولی نشان داد که فعالیت پروتئین در ارتباط با شبکه آندوپلاسمی است. وزن مولکولی پروتئین 3/47 کیلودالتون و نقطه ایزوالکتریک آن 18/8 است. در توالی آمینواسیدی دو ناحیه فراغشایی و دو بخش حفاظت ­شده مشخص شد. ساختار سه­ بعدی پروتئین با استفاده از نرم‌افزار I-TASSER پیشگویی شد. در ساختار پروتئین پیشگویی شده، مارپیچ فراغشایی، آمینواسیدهای آب­گریز، توالی حفاظت شده و آمینواسیدهای سطح پروتئین با نرم‌افزار Chimera مشخص شد. الگوی بیان ژن سکوالن ‌سینتاز 1 نشان داد که بیشترین و کمترین بیان به‌ترتیب مربوط به ریشه و اندام سبز گیاه است.